问题描述
是一个对构建和部署Docker只有基本知识的初学者，他希望能够构建一个包含两个conda环境的Docker容器，并且能够从本地操作系统（Linux）调用命令行。
具体情况如下：
– 用户已经创建了两个conda环境：env-a和env-b。
– 用户已经编写了Dockerfile来构建Docker容器。
– 用户已经成功构建了Docker容器，并且能够在容器中运行命令。
– 用户希望能够挂载一个目录，并在容器中执行两个使用不同环境的工具的流程。
用户在挂载目录时遇到了问题，导致无法访问conda环境。
解决方案
请注意以下操作注意版本差异及修改前做好备份。
步骤1：修改挂载目录
问题出现的原因是用户将宿主机的目录/media/data/home/booby/test/挂载到了容器的/opt/目录，导致容器中的/opt/目录被覆盖。为了解决这个问题，我们可以将宿主机的目录挂载到容器的一个子目录下，例如/opt/sam/。修改命令如下：
docker run --init -v /media/data/home/booby/test/:/opt/sam/ test /bin/bash -c "source activate env-a && env view -h /opt/sam/my.bam > /opt/sam/my.sam && source activate env-b && samtools view -b /opt/sam/my.sam > /opt/sam/my.bam"
在上面的命令中，我们将宿主机的目录/media/data/home/booby/test/挂载到了容器的/opt/sam/目录下。
步骤2：执行命令
修改挂载目录后，我们可以在容器中执行两个使用不同环境的工具的流程。修改后的命令如下：
docker run --init -v /media/data/home/booby/test/:/opt/sam/ test /bin/bash -c "source activate env-a && env view -h /opt/sam/my.bam > /opt/sam/my.sam && source activate env-b && samtools view -b /opt/sam/my.sam > /opt/sam/my.bam"
在上面的命令中，我们首先激活env-a环境，并使用env view命令将/opt/sam/my.bam文件转换为SAM格式，并将结果保存到/opt/sam/my.sam文件中。然后，我们激活env-b环境，并使用samtools view命令将SAM格式的文件转换为BAM格式，并将结果保存到/opt/sam/my.bam文件中。
请注意，以上命令中的test是Docker镜像的名称，你需要将其替换为你自己的镜像名称。
总结
通过修改挂载目录，你可以解决在挂载目录时无法访问conda环境的问题。同时，你可以使用修改后的命令在容器中执行两个使用不同环境的工具的流程。希望以上解决方案对你有帮助！