如何在Docker容器中构建具有多个conda环境的容器

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问题描述

是一个对构建和部署Docker只有基本知识的初学者，他希望能够构建一个包含两个conda环境的Docker容器，并且能够从本地操作系统（Linux）调用命令行。
具体情况如下：
– 用户已经创建了两个conda环境：env-a和env-b。
– 用户已经编写了Dockerfile来构建Docker容器。
– 用户已经成功构建了Docker容器，并且能够在容器中运行命令。
– 用户希望能够挂载一个目录，并在容器中执行两个使用不同环境的工具的流程。

用户在挂载目录时遇到了问题，导致无法访问conda环境。

解决方案

请注意以下操作注意版本差异及修改前做好备份。

步骤1：修改挂载目录

问题出现的原因是用户将宿主机的目录/media/data/home/booby/test/挂载到了容器的/opt/目录，导致容器中的/opt/目录被覆盖。为了解决这个问题，我们可以将宿主机的目录挂载到容器的一个子目录下，例如/opt/sam/。修改命令如下：

docker run --init -v /media/data/home/booby/test/:/opt/sam/ test /bin/bash -c "source activate env-a && env view -h /opt/sam/my.bam > /opt/sam/my.sam && source activate env-b && samtools view -b /opt/sam/my.sam > /opt/sam/my.bam"

在上面的命令中，我们将宿主机的目录/media/data/home/booby/test/挂载到了容器的/opt/sam/目录下。

步骤2：执行命令

修改挂载目录后，我们可以在容器中执行两个使用不同环境的工具的流程。修改后的命令如下：

docker run --init -v /media/data/home/booby/test/:/opt/sam/ test /bin/bash -c "source activate env-a && env view -h /opt/sam/my.bam > /opt/sam/my.sam && source activate env-b && samtools view -b /opt/sam/my.sam > /opt/sam/my.bam"

在上面的命令中，我们首先激活env-a环境，并使用env view命令将/opt/sam/my.bam文件转换为SAM格式，并将结果保存到/opt/sam/my.sam文件中。然后，我们激活env-b环境，并使用samtools view命令将SAM格式的文件转换为BAM格式，并将结果保存到/opt/sam/my.bam文件中。

请注意，以上命令中的test是Docker镜像的名称，你需要将其替换为你自己的镜像名称。