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问题描述
用户在刷装自定义ROM的过程中需要执行一些步骤：1、清除数据（Wipe data）2、擦除缓存分区（Wipe cache partition）3、安装zip文件。清除数据具体指什么操作？虽然知道这相当于恢复出厂设置，抹掉了应用、系统设置等本地所做的更改，但并未明确说明是否包括设备的内部存储；同时，清除数据和清除缓存分区是否会彻底删除设备所有内容或默认操作系统？
解决方案
清除数据（Wipe data）的含义
清除数据实际上等同于恢复出厂设置操作。通过执行此步骤，你确实会丢失应用、系统设置等自上次恢复后所做的更改；但是不会触及到媒体文件（如音乐、视频等存储内容），这些文件只会在将设备连接至计算机时可见。除非恢复提示中明确指出“Wipe data/media”动作，否则仅清除/data分区是不涉及内部存储数据的。
默认操作系统的状态
默认情况下，刷装自定义ROM不会覆盖预装的操作系统（OS）。如回复所说，尽管执行新的定制ROM更新会更改/system分区的内容从而启动新的操作系统版本，但之前系统的部分文件可能仍然存在于\system里。具体取决于你所使用的恢复软件。例如，CWM默认包含对此分区的覆写操作，但TWRP则提供选择是否包括此分区。
如何彻底删除系统（Wipe /system）
如果需要将原生的操作系统完全删除，则只需执行清除/system分区的操作，这样就可以覆盖掉所有原根文件系统的数据。只要之前有相应分区的完整NAndroid备份，特别是在恢复软件默认包含了对\system分区覆写的设置时，你完全能将其恢复回去。
总结
刷装自定义ROM通常包括清除/data和/overlay目录下的内容以确保系统在安装新包期间不干扰已有的文件，并将/system分区清空供重新覆盖使用。因此，在操作这些步骤后你的默认的系统软件确实有可能被改写，但具体影响程度取决于你所选择的具体方法及恢复环境的配置设置。
以上信息总结了清除数据和擦除缓存具体涉及到的内容以及对刷机的影响，并明确了如何安全地进行系统的恢复与重置。请在刷装前查阅相关文档并确保正确理解操作流程。